首先价位不一样。脑核磁共振的价位要高于脑ct的价位。其次，脑核磁共振没有辐射，而脑ct属于有辐射的。另外，脑ct对于判断脑出血优于脑核磁共振。脑出血在脑核磁共振不同的时期，病灶会有明显变化，有时候对诊断增加了一定的难度。而脑核磁共振对脑梗死，特别是新发的脑梗塞的判断，要优于脑ct。脑ct检查时间短，对那些不合作的患者或者是重症患者特别适用。脑核磁共振检查基本需要十分钟以上，检查的时候头部要一动不动。另外患者要是有心脏起搏器等，都不能做核磁共振检查。