头疼做ct还是做磁共振需要就诊的医生进行判断，这两个检查各有自己的利与弊，ct作为常规扫描是没有问题的，一般颅内有血ct是可以直接检测出来的，但是一些早期或者更早期的脑梗塞ct是无法显示出来的，这就需要磁共振来进行检查，所以单纯头痛可以做ct，如果想要全面性的检查，建议磁共振。