脑干血栓如果在发病四个半小时之内CT没有显影可以考虑溶栓治疗，但是脑干血栓不能进行取栓和拉栓的治疗，因为后循环的多是穿支血管病变，不适合这种治疗。如果脑干血栓超过了时间窗，可以根据血液的情况选择，可以根据基础病选择抗凝或者是双抗治疗，也可以根据尼斯次评分来进行治疗方案的选择，同配合一些改善循环、活血化瘀的药物，同时应用清除氧自由基、脑保护的药物。过了急性期可以进行系统的康复治疗。